Parmi les espèces remarquables présentes sur le bassin versant, on peut noter la présence de la loutre (environ 100 à 160 individus dans la partie centre-Ouest-Bretagne), du saumon, de nombreuses espèces d’oiseaux d’eau et plus localement de la moule perlière d’eau douce et de l’écrevisse à pattes blanches.
L’estuaire du Blavet constitue également un des rares sites abritant une plante protégée : le cranson des estuaires. La présence de telles espèces souligne les enjeux de préservation de la qualité des eaux et des milieux aquatiques.
